С.Энх-Амгалан гэгч нь ИНЕГ-ын Тэргүүн дэд даргын үүрэгт ажил болох "нисэхийн аюулгүй байдал, нислэгийн аюулгүй ажиллагаа”-г сахин хангуулах үндсэн ажилтай.

Уншигч та санаж байгаа байх 2009 оны 12 дугаар сарын 24-нд  УБ-Бээжин чиглэлд ОМ-223 аяллын дугаартай нислэг үйлдсэн МИАТ ХК-ний Боинг-737-800 онгоцны 2 дугаар нисгэгч нь хуурамч нисгэгчийн үнэмлэхтэй байсан гэх Э.Ганхүү ноцтой алдаа гаргаж Бээжингийн олон улсын нисэх буудалд ослын буулт үйлдэж 182 зорчигчийн амиар тоглох шахсан маш ноцтой хэрэг үйлдсэн билээ.

Энэ хэргийн гол эзэн нь ИНЕГ-ын өнөөгийн тэргүүн дэд дарга С.Энх-Амгалан гэгчийн төрсөн хүү бөгөөд  МИАТ ХК-д Боинг онгоцны нисгэгчээр шургуулж амжсан нь ийм ноцтой алдаа гаргаж 182 зорчигчийн сүнсийг зайлтал айлгаж тэдний дунд явсан УИХ-ын гишүүн Баярцогт, Ч.Сайханбилэг, Т.Бадамжунай нарын зүрхийг зогсоочих шахсан билээ.  Энэ хэргийн улмаас  МИАТ ХК-д 100.000.000 сая төгрөгийн хохирол учирч эрүүгийн хэрэг үүсгээд байсан. Гэтэл хэргийн эзэд С.Энх-Амгалан, Э.Ганхүү нар тэр дариудаа сураггүй алга болсон байдаг.  Гэтэл 2012 оны сонгуулийн дүнд үүссэн улс төрийн нөхцөл байдлыг хэргийн эзэн Ц.Энх-Амгалан овжноор ашиглаж ИНЕГ-ын Тэргүүн дэд даргын сэнтийд УИХ-ын бие даагч гишүүн Ц.Даваасүрэн, Х.Болорчулуун нар дэмжиж заларсан гэцгээдэг.

Тэрээр 2013 оны 12–р сард орон сууцны  асуудлаа 30.000.000 сая төгрөгөөр гурав дахь удаагаа шийдвэрлүүлж санхүүгийн зөрчил үүсгэсэн болохыг 2014 онд ИНЕГ-т хийсэн Үндэсний Аудитын газрын шалгалтын тайланд зөрчил хэмээн тусгагджээ. Учир нь тэрээр 1992 онд МИАТ ХК холбооны инженерээр ажиллаж байхдаа Хан-Уул дүүргийн 10-р хороо, Буянт Ухаагийн 7 дугаар байрны 87 тоотын гал тогоо нь тусдаа 2 өрөө (одоогийн 3 өрөө) байрыг, 2002 онд ИНЕГ-т Мэдээлэл хангалтын албаны даргаар ажиллаж байхдаа Баянгол дүүрэг "ТБД Андууд”-ын зүүн талд "Их Өргөө” компаний барьсан 60-р байрны 26 тоот 70 м/кв 3 өрөө (одоогийн 4 өрөө) орон сууцыг тус тус байгууллагаасаа авсан байжээ.

Хэргийн эзэн С.Энх-Амгалан тарьсан балгаа баларуулдах үүднээс "ниргэсэн хойно нь хашхирав” гэгчээр хүү Э.Ганхүүгээ Канад улсад нисэхийн сургуульд нөхөн суралцуулж 2013 онд төгсжээ. Гэтэл тэрээр хүү Э.Ганхүүг одоо суралцаж байгаа хэмээн 2014 оны 6-р сард өргөдөл бичиж өчнөөн зовлон чирэгдэл тоочиж байгаад ИНЕГ-ын удирдлагуудыг залилан 59.000.000 ам доллар буюу 100.000.000 (нэг зуун сая) гаруй сая төгрөгийг  ИНЕГ-аас нөхөн гаргуулжээ.

Үүгээр зогсолгүй хүүгээ нисгэгчийн мэргэжлээр цаашид ажиллуулах хүсэлтээ гаргасан байгаа бөгөөд уг нь ИНД-121.511 дүрмийн шаардлага нь олон зуун хүний суудалтай Боинг мэт том оврын агаарын хөлгийн нисгэгч болохын тулд эхлээд бага болон дунд оврын нисэх онгоцны нисгэгчээр агаарт 1500 цаг ниссэн байхыг шаарддаг нь С.Энх-Амгаланд таалагдахгүй байгаа юм.

Зөвхөн 2014 оны эхний хагас жилийн байдлаар тэрээр нийт 7 удаа гадаад томилолтоор явсан С.Энх-Амгалангийн иймэрхүү үйлдлүүдийг нэн даруй таслан зогсоож арга хэмжээ авахгүй бол болохгүй цаг мөч иржээ.